دانشکده مهندسی این دانشگاه در سال 1861 به عنوان اولین دانشکده مهندسی استرالیا تاسیس یافت. امروزه با داشتن 3200 دانشجو در مقاطع مختلف سالگرد 150 امین سال تاسیس خود را جشن می گیرد. دانشکده خود به چندین دپارتمان تقسیم می شود. در هر دپارتمان رشته های تحصیلی در مقاطع تحصیلی و تحقیقاتی ارائه می شوند. دوره های کارشناسی 3 ساله و دوره های ارشد 2 ساله هستند. دانشگاه ملبورن برای دانشجویان علاقه مند یک نامه پذیرش 5 ساله به عنوان کارشناسی ارشد پیوسته - دوره کارشناسی و ارشد به همراه هم- را نیز ارائه می دهد. آیلتس ورودی دانشگاه 6.5 است. برای ورود به دوره های ارشد باید کارشناسی مهندسی و یا علوم مربوطه به آن را ارائه دهید. ارائه سابقه کار در صورت تشخیص دانشگاه الزامی است. شهریه دوره های مهندسی از 32000$ تا 36000$ در سال می باشد.

دپارتمان بیومدیکال

رشته های ارائه شده در این دپارتمان تلفیقی از رشته های مهندسی و پزشکی و زیست شناسی هستند و در واقع همان رشته های مهندسی پزشکی می باشند.

دپارتمان شیمی و بیوملکولار

این دپارتمان فعالیت خود را از سال 1950 آغاز کرد و امروز یکی از بزرگترین دانشکده های مهندسی شیمی استرالیاست.

دپارتمان کامپیوتر و نرم افزار

این دپارتمان با پیشینه 50 ساله خود، در ارائه رشته های کامپیوتر و فناوری اطلاعات پیشرو می باشد.

دپارتمان الکتریک و الکترونیک

این کالج فعالیت خود را از سال 1889 آغاز کرد. در حال حاضر رشته ها در هر سه مقطع ارائه می شوند. رشته کارشناسی ارشد مهندسی نانوالکتریک این دپارتمان منحصر به فرد می باشد.

دپارتمان ساخت شامل عمران، محیط زیست و ژئوماتیک

رشته های این دپارتمان به بررسی فراساختارها می پردازد. به همین دلیل رشته هایی مانند ژئوماتیک و محیط زیست نیز در کنار مهندسی عمران وجود دارند.دیگر زمینه های تحصیلی عبارتند از: مدیریت پروژه و مهندسی ساخت.

دپارتمان مکانیک

دپارتمان مکانیک دانشگاه ملبورن یکی از بزرگترین کالج های مکانیک استرالیا می باشد.